인류가 지구 외의 지적 생명체와 처음으로 조우하는데 성공한 2113년. 그러나 이 퍼스트 컨텍트는 그리 낙관적이지 못했다. 인간의 생각을 읽어내는 엄청난 힘을 가진 수수께끼의 적에 의해 인류는 괴멸적인 타격을 받게 된다. 일방적으로 이어지는 공세에 더 이상 반격할 힘도 남아 있지 않은 지구. 그러나 2116년 마침내 일본 열도가 지구상에서 완전히 소멸하는 사고와 함께 전쟁은 일시 소강 상태로 접어든다. 그리고 시간이 흘러 평화로운 타츠미야섬에서 이야기는 시작된다. 마카베 카즈키는 어렸을때부터 친구 사이였으나 어느새 소원해진 미나시로 소우시와 토오미 마야 등과 함께 평범한 나날을 보낸다. 그러던 어느날 갑자기 하늘에서 "당신은 그곳에 있습니까?"라는 목소리가 들려온다. 이에 그들은 "있습니다"라고 대답한다. 그러나 그 대답은 거대한 재앙, 아니 받아들이기 힘든 진실을 눈앞에 펼쳐 놓는 계기가 된다. 그들이 푸른 바다와 하늘 사이에 떠있는 행복하고 평화로운 섬이라는 것 따윈 전부 조작된 허구였음을 알게 된 것이다. 공격해오는 적들의 압도적인 화력에 살아남으려 발버둥치는 카즈키. 그런 그의 앞에 강철의 거인 파프너가 나타난다. 전쟁의 의미나, 살생의 의미를 고상하게 생각할 여유같은 것은 없다. 살기 위한 본능에 충실하게 파프너에 올라탄 그는 이 지옥같은 현실의 한가운데로 뛰어들게 되었는데...